Tóm lại, trong 100 năm sau khi Đức Phật tịch diệt, giữa Đại Hội Kết Tập Lần I và II, Đạo Phật được xem như là ở trong thời kỳ nguyên thủy, với một tăng đoàn tương đối còn ít, có nhiều liên hệ chặt chẻ, giới luật thuần nhất, dưới sự lãnh đạo của các cao tăng vốn đã xuất gia và thọ giới khi Đức Phật còn tại thế.

Sang thời kỳ bộ phái, kéo dài khoảng 400 năm từ sau Đại Hội II cho đến đầu Công nguyên, các mầm mống phân hoá đã bắt đầu xuất hiện, với sự phân chia thành hai Bộ, và sau đó tiếp tục phân hóa thành 18 tông. Qua Đại Hội III được tổ chức dưới triều vua A Dục, việc kết tập Kinh Tạng và Thắng Pháp Tạng xem như đã hoàn tất. Mặc dù trong thời kỳ nầy các kinh A Hàm và giới luật nguyên thủy vẫn được các tông phái tôn trọng – với những cách diễn dịch khác nhau – các ý tưởng canh tân, đại chúng hóa đạo pháp bắt đầu thành hình, nhất là trong thế kỷ cuối cùng trước Công nguyên.

Thời kỳ tiếp theo là thời kỳ chuyển hóa, kéo dài khoảng 500 năm cho đến đầu thế kỷ 6. Trong thời kỳ nầy, Phật giáo bắt đầu có hai hướng phát triển khác nhau, và kéo dài ảnh hưởng đến ngày nay. Từ Ấn Độ, đạo Phật được truyền về hướng Nam, sang đảo Tích Lan, và tạo lập một căn bản vững chắc ở đó. Đại Hội Kết Tập lần IV tại Tích Lan đánh dấu việc ghi chép toàn bộ Tam Tạng Kinh – Luật – Thắng Pháp trên lá bối, và được lưu truyền cho đến ngày nay qua truyền thống Theravada.

Cũng trong thời kỳ nầy, các tư tưởng canh tân của Phật Giáo Phát Triển đã bắt đầu tạo ảnh hưởng lớn mạnh, qua các bộ kinh điển mới và qua các bộ luận thuyết của các danh tăng vào giữa và cuối thời kỳ nầy. Các tông phái Phật Giáo Phát Triển bắt đầu xuất hiện và tăng trưởng nhanh chóng. Đạo Phật truyền sang mạn Tây Bắc, tạo lập trung tâm Phật giáo ở Kashmir, và từ đó truyền vào Trung Hoa.

Khi đạo Phật bắt đầu bành trướng ở Trung Hoa, tăng đoàn ở đó đã thu nhận và chuyển dịch rất nhiều kinh điển, từ nhiều nguồn gốc và tông phái khác nhau, và qua nhiều thời kỳ lịch sử. Các bộ Tam Tạng nguyên thủy được dịch ra chữ Hán từ hai, ba tông phái khác nhau, chẳng hạn như từ tông Thuyết Xuất Thế Bộ và Thuyết Nhất Thiết Hữu Bộ. Các bộ kinh chính của Phật Giáo Phát Triển cũng thế, có nhiều thay đổi theo thời gian, và được bổ sung, sửa chữa nhiều lần. Có khi các bộ kinh nầy chỉ được truyền khẩu bằng tiếng Phạn vào Trung Hoa, rồi sau đó mới được dịch, giản lược, nhuận sắc và ghi chép lại. Có khi các danh tăng Trung Hoa du hành sang Ấn Độ học tập rồi mang về các bộ kinh điển để phiên dịch và phổ biến trong nước. Cũng có những bộ kinh không có nguồn gốc rõ ràng và có lẽ đã được trước tác tại Trung Hoa. Ngài Đạo An trong thời Đông Tấn, thế kỷ thứ 4 CN, đã từng đặt vấn đề “kinh nghi ngụy” để xác định kinh thật, kinh giả. Cả hai truyền thống chính — Theravada và Mahayana — đều có mặt tại xứ nầy trong thời gian đó.

Để sắp xếp và thống nhất nguồn gốc của các loại kinh điển, các tăng sĩ thời đó đã đưa ra nhiều giả thuyết khác nhau (các học thuyết “phán giáo”). Trong đó, thuyết của ngài Trí Giả, tông Thiên Thai , là phổ thông nhất và vẫn còn thấy lưu dụng cho đến ngày nay trong một số sách Phật giáo. Ngài cho rằng Đức Phật đã giảng kinh pháp trong 5 thời kỳ (ngũ thời phán giáo): Hoa Nghiêm, A Hàm, Phương Đẳng, Bát Nhã, và Pháp Hoa – Đại Niết Bàn, và vì thế có nhiều loại kinh điển từ nhiều tông phái khác nhau. Tuy nhiên, đây chỉ là một lối giải thích chủ quan để tổng hợp, hệ thống hóa toàn bộ kinh điển và biện minh sự siêu việt của Pháp Hoa tông mà thôi. Giả thuyết nầy không có chứng liệu lịch sử, và không được các nhà nghiên cứu sử học Phật giáo ngày nay công nhận.

Tại Tích Lan cũng thế, trong những thế kỷ đầu tiên, cả hai truyền thống Mahayana và Theravada đều có mặt tại xứ nầy, mặc dù truyền thống Theravada có ảnh hưởng mạnh hơn, như ngài Pháp Hiển đã ghi nhận trong quyển Phật Quốc Ký. Ngài cũng ghi nhận là có các nhóm tu sĩ phái Đại Tự Viện, tuy là Theravada nhưng có tinh thần của Phật Giáo Phát Triển rất cao. Còn tại Ấn Độ, các ngài Huyền Trang và Pháp Hiển đều ghi nhận sự hoạt động hài hòa của nhiều tông phái khác nhau trong nhiều thế kỷ.

Ở Việt Nam, cả hai tông phái Mahayana và Theravada đều được công nhận và cùng chung nhau hoạt động trong công tác hoằng dương đạo pháp. Hiến chương Phật giáo Việt Nam soạn ra năm 1963 đã chính thức xác nhận điều đó . Tuy nhiên, để tránh hiểu lầm, chúng ta không nên dùng chữ “Tiểu thừa” để gọi tông phái Theravada. Điều nầy thường gặp trong một số sách báo và bài viết về đạo Phật. Thật ra, “Tiểu thừa” là dịch từ chữ “Hinayana” — cỗ xe nhỏ — một chữ dùng rất nhiều trong kinh điển và luận thuyết của Phật Giáo Phát Triển, có hàm ý chê bai, khinh miệt. Có lẽ đây là một dụng ý thâm sâu của các tu sĩ luận sư của Phật Giáo Phát Triển nhằm để chê bai các bộ phái nguyên thủy, bởi vì nếu họ chỉ có ý muốn diễn tả một cỗ xe nhỏ thì danh từ “Culayana” có ý nghĩa chính xác và nghiêm túc hơn.

Cũng cần ghi nhận ở đây là các danh xưng Đại thừa và Tiểu thừa chỉ thấy đề cập trong kinh luận Mahayana xuất hiện về sau, mà không thấy trong kinh điển nguyên thủy. Trong hệ Pali Nikaya cũng như hệ Hán tạng A-hàm, Đức Phật có dạy ngài Ananda về một cỗ xe Pháp duy nhất, Pháp thừa (Dhammayana), đó là Con Đường Tám Chánh (Bát Chánh Đạo), như đã ghi lại trong Tương Ưng Bộ và Tạp A-hàm:

“Này Ananda, Con Đường Tám Chánh nầy là đồng nghĩa với cỗ xe tối thượng, là cỗ xe Pháp, là sự chiến thắng vô thượng trong mọi chiến trận nhiếp phục tham, sân, si.”

Khi đọc kinh điển, chúng ta cần phải hiểu rõ hoàn cảnh lịch sử xã hội khi các kinh nầy được tạo ra. Các kinh Phật Giáo Phát Triển được trước tác và xuất hiện vào cuối thời kỳ bộ phái, nghĩa là khoảng 400-500 năm sau khi Đức Phật tịch diệt. Đây là các tư tưởng cải cách để đại chúng hóa đạo Phật, đối kháng lại đường lối thủ cựu, giáo điều, chấp kiến và vị kỷ của một số tu sĩ trong giới lãnh đạo tăng đoàn của nhiều tông phái thời bấy giờ, chứ không phải để ám chỉ riêng biệt một tông phái nào cả.

Khuynh hướng ngày nay là dùng chữ Mahayana và Theravada nguyên ngữ để chỉ hai tông phái chính nầy. Khi dịch sang Việt ngữ, thường thì chúng ta dùng danh từ Phật Giáo Đại Thừa và Phật Giáo Nguyên Thủy, nhưng cũng có sách dùng danh từ Phật Giáo Bắc Truyền (Bắc Tông) và Phật Giáo Nam Truyền (Nam Tông) để chỉ hướng truyền đạo của Phật Pháp trong thời kỳ chuyển hóa. Gần đây lại thấy có sách dùng danh xưng Phật Giáo Nguyên Thủy (Theravada) và Phật Giáo Phát Triển (Mahayana) cho hai hệ phái chính ở Việt Nam.

Dù là tông phái nào đi nữa, đó cũng chỉ là giáo pháp phương tiện giúp ta tu tâm tịnh ý để được an lạc và giải thoát. Cần phải hiểu rõ nguồn gốc và hoàn cảnh lịch sử trong tiến trình phát triển các bộ kinh điển và tông phái, để có được một sự thông cảm, hòa đồng và tương kính. Trong kinh Pháp Hoa, Phật có nói: “Chư Phật chỉ dùng một cỗ xe duy nhất đưa đến giải thoát (Nhất thừa Phật đạo), không có hai mà cũng chẳng có ba”, và trong Tiểu Bộ và Tăng Chi Bộ của kinh tạng nguyên thủy, Ngài cũng dạy rằng: 

“Như tất cả các đại dương đều có cùng một vị mặn, các giáo pháp của Ta cũng chỉ có một vị duy nhất, đó là vị giải thoát.”